Полная клановая структура школ и семейств ниндзя может насчитывать под несколько сотен кланов - разумеется, о большинстве из них не сохранилось каких-либо записей, но учитывая охват влияния, ветвление и историю только известных функционировавших организаций, то вероятнее всего было бы предположить именно это. Расцвет рюха пришелся на "эпоху воюющих провинций" - Сэнгоку Дзидай - когда огромное количество рю (или "школ, кланов") получили регулярный источник дохода от военачальников, желавших использовать ниндзя в своих завоевательных целях. Некоторые из генералов даже основывали собственные школы шпионажа, причисленные позже к рю ниндзя, другие же были вынуждены обращаться к семействам, традиционно занимающимся подобной деятельностью.

Классическим примером иерархии в кланах ниндзя служило разделение на дзенинов, тюнинов и гэнинов:

• Дзёнин (上忍) - высшее звено, руководители, часто стоявшие в тени и внешне казавшиеся никак не относившимися к какой-либо тайной деятельности. Для официальной власти они либо выглядели местные мелкие управители или самураи, ведя двойную жизнь, либо вообще скрывали свое собственное существование. Фудзибаяси Нагато и Момоти Сандаю - достойный пример. Патриарх или высший руководитель школы - сокэ или сокё.
• Тюнин или чунин (中忍) - среднее звено, сродни офицерскому составу. Выступали связными между дзенинами и исполнителями, руководили конкретными операциями, контактировали с дайме и генералами.
• Гэнин (下忍) - исполнители, шпионы, диверсанты. Могли быть как учениками какой-либо школы, так и простыми наемниками, шпионящими за деньги - все зависело от структуры и принципов функционирования клана. Именно про гэнинов (таких как Сарутоби Саскэ) ходит множество мифов и сказок, популярных у японских детей.

Ниже указан примерный список только известных, доступных к общедоступному поиску, рю ниндзя. В формировании его использованы материалы Алексея Горбылева - наверное, известнейшего исследователя ниндзюцу в России и автора множества книг о боевых искусствах, Валерия Момота - руководителя организации "Будзинкан Украина Сибу додзё", и труды посетителей "будо-форума". Спасибо им всем.

雲隠流 Кумогакурэ рю
玉心流 Гёкусин рю
玉虎流 Гёкко рю
義経流 Йосицунэ Рю – названо по имени Минамото но Йосицунэ, одного из генералов семьи Минамото (середина-конец 12 века), округ Фукуи
柳生心眼流南方派 Ягю Синган рю Нампо-ха
香取神道流 Катори Синто рю – одна из старейших школ корю-будзюцу , до сегодняшнего дня изучающая ниндзюцу как одну из своих дисциплин
甲陽流 Коё-рю – создана для оказания услуг Такэде Сингэну
武田流 Такэда рю – создана для оказания услуг Такэде Сингэну
忍光流 Нинко рю – создана для оказания услуг Такэде Сингэну
上杉流 Уэсуги рю – создана для оказания услуг Уэсуги Кэнсину, округ Ниигата
加治流 Кадзи рю – основана учеником клана Уэсуги-рю Кадзи Оминоками Кагэхидэ, связана с патриархами Хаттори-рю
服部流 Хаттори рю – округ Ига (Миэ)
\戸隠流 Тогакурэ рю – округ Ига (Миэ)
義盛流 Гикан рю – округ Ига (Миэ)
虎倒流 Кото рю – округ Ига (Миэ)
風間竜忍術 Фума Рю – основана Фума Котаро, по преданию виновный в смерти Ханзо Хаттори. Специализировались на шпионаже и морской партизанской войне, округ Канагава
甲賀流 Кога рю – округ Кога (Сига)
黒川流 Курокава рю – округ Кога (Сига)
中川流 Накагава рю – округ Аомори, основана Накагава Кохаюто
羽黒流 Хагуро рю – округ Ямагата, создано сюгэндзя гор Хагуро
松本流 Мацумото рю – округ Тотиги
松田流 Мацуда рю – округ Ибараки
備前流 Бидзэн рю – округ Окаяма
南蛮流 Нанбан рю – окрестности Нагасаки
根来流 Нэгоро рю – специалисты по огнестрельному оружию, округ Вакаяма
名取流 Натори рю – к этой школе относился Фудзибаяси Масатакэ, автор «Се-Нинки», округ Вакаяма
雑賀流 Сайга рю – специалисты по взрывчатым веществам и огнестрельному оружию, округ Вакаяма
紀州流 Кисю рю – округ Вакаяма
黒田流 Курода рю – округ Фукуока

На карте - расположение только девятнадцати рю, для примера "разброса" областей деятельности ниндзя. Кликабельно.